A partir du chapitre 239 une nouvelle histoire a commencé. En effet, Kishimoto annonce a la fin du chapitre 238 la fin de la première partie de Naruto, pour ensuite la reprendre avec un intervalle de 3 ans. Mais la nouvelle histoire se situant entre les deux parties s'appelle "Kakashi's Gaiden", qui veut dire "Kakashi's SideStory", ou encore "L'histoire de Kakashi".
Histoire :
Une dizaine d'années de cela, les gouvernements des 5 grandes nations de Ninja étaient en conflit. et des escarmouches mêlant les prirent placent aux frontières des pays. Le pays du feu manquait sévèrement de Ninjas, et les guerres prolongées balayèrent sa puissance .. et un grand nombre de morts furent des Ninjas du Village Caché de Konoha. Après ca, cette période fut appellé "La Troisième Guerre Mondiale Secrète".
Chronique 1: La mission commence
L'aventure commence avec l'arrivée précipitée et retardée d'Obito au rendez-vous de son équipe.
Kakashi lui fait la morale sur les règles ninjas à respecter et il semblerait qu'il existe un conflit d'autorité entre ces deux là. De plus, l'équipe s'est réunie pour fêter la promotion de Kakashi en Jounin. De ce fait, Rin et yondaime (son sensei) lui ont préparé chacun une surprise et le seul absent à la règle est une fois de plus Obito, le jeune Uchiha un peu tête en l'air.
Une fois la petite fête terminée, yondaime met en place les plans pour leur mission d'infiltration qui consiste à détruire un pont à la frontière entre Kisa et Iwa, les pays de l'herbe et de la terre.
En tant que nouveau Jounin, Kakashi a le grand honneur de diriger ses deux co-équipiers pour la première fois tandis que yondaime les accompagnera en se faisant discret.
La mission commence à peine que Kakashi repère l'ennemi et lance l'assaut immédiatement en testant son tout dernier jutsu: le Raikiri.
Chronique 2: Travail d'équipe
Aux yeux de yondaime, Kakashi se précipite trop au combat et ne peut retenir son ex-élève. Au même moment un ninja de Iwa attaque Obito. Ce dernier, pétrifié ne bouge pas, tandis que de l'autre côté yondaime file à la rescousse de Kakashi qui reçoit un coup à l'épaule au passage.
yondaime décide de faire une pause sur la mission et reprend ses élèves en insistant sur une des règles les plus fondamentales de la vie d'un ninja : le travail d'équipe, trop peu utilisée dans le trio Kakashi-Obito-Rin.
Le soir venu, Obito cherche à comprendre l'origine de l'individualisme et la méchanceté de Kakashi, en se renseignant auprès de son sensei yondaime.
Ce dernier lui racontera la tragique histoire du père de Kakashi, ex-Sanin de Konoha, mort au combat pour défendre ses coéquipiers et faillir à sa mission. Ce serait pour ne pas suivre la triste fin de son père, que Kakashi préfère foncer dans l'égocentrisme.
Chronique 3: Un vrai héros
La mission reprend à présent, l'équipe de Yondaime arrive à la frontière et se sépare en deux groupes: Kakashi prend les commandes de ses co-équipiers tandis que Yondaime file seul faire diversion.
Peu de temps après, Kakashi aperçoit les ennemis, et Obito s'empresse d'attaquer avec une attaque de feu. Alors que Kakashi et Obito combattent le ninja, un nouveau fait irruption et capture Rin dans leur dos.
Kakashi décide de continuer la mission, tandis que Obito clame sa volonté de sauver Rin, quitte à mettre la mission de côté. Kakashi ne veut rien savoir et préfère continuer, mais le jeune Uchiha décide de s'imposer et entre en colère, car il ne veut pas laisser tomber son amie. Les deux garçons prennent donc une route différente.
Chronique 4: Le ninja pleurnichard
Obito, laissé seul, arrive à la cachette des ninjas qui ont capturé Rin, mais se fait maladroitement repéré.
Obito en mauvaise posture se fait protéger par un Kakashi arrivé de nulle part et
déterminé à changer son point de vue sur les ninjas, en acceptant decombattre aux côtés d'Obito pour sauver leur amie Rin. Malheureusement Kakashi ne peut défendre Obito lors d'une attaque, et subit une grave blessure à l'oeil gauche.
Obito ne retient pas ses larmes, de voir un ami blessé si gravement par sa faute, et entre dans une furie qui laisse place au principal allié du clan Uchiha: son Dôjutsu du nom de Sharingan.
Les ennemis invisibles grâce à leur jutsu sont désormais détectables grâce aux apports du Sharingan, et Obito combat à l'aide de son kunai d'une rage redoutable.
Chronique 5: Un cadeau
Obito et Kakashi arrivent à la grotte où se trouve Rin, et combattent en duo tels de vrais amis.
Kakashi libère Rin du Genjutsu qui l'emprisonnait et au même moment l'ennemi refait surface avec un redoutable jutsu d'éboulement qui met en danger les trois ninjas. Dans leur escapade, Kakashi reçoit une pierre sur la tête et voit une seconde bien plus impressionnante sur le point de l'écraser, quand Obito surgit et se fait écraser à la place de son ami.
Obito, bloqué et affaibli par le rocher est sur le point de mourir, et souhaite avant sa mort, offrir son Sharingan pour remplacer l'oeil qu'a perdu Kakashi au combat. Il est trop tard pour sauver Obito, et Kakashi ne peut refuser lademande, Rin commence alors l'opération d'urgence.
Chronique 6: Les héros du Sharingan
Kakashi, en colère, se débarrasse de l'ennemi, et avec Rin quitte la grotte avant que d'autres ennemis débarquent. Il est, malheureusement, trop tard, ils sont là et sont en grand nombre, si bien que Kakashi ordonne à Rin de fuir tandis qu'il compte se battre seul contre tous. Kakashi commence donc son périlleux combat en utilisant le Raikiri, puis tombe et se réveillera plus tard au côté de yondaime, qui est venu à son secours et s'est débarrassé de toute la troupe.La saga se termine quand Kakashi vient poser des fleurs devant la tombe se son meilleur ami, disparu pour le sauver, comme un véritable héros, comme son propre père
